Исследователи из Главной больницы Сингапура (SGH), Института генома Сингапура (GIS) A*STAR и Медицинской школы имени Йонг Лу Лина при Национальном университете Сингапура (NUS Medicine) обнаружили новую кладу (или тип) Candida auris, в результате чего общее число клад, известных во всем мире, достигло шести.

Candida auris, или C. auris, — это грибок, который очень легко передается и трудно поддается искоренению. Он в основном поражает пациентов с тяжелыми сопутствующими заболеваниями. Те, у кого есть инвазивные медицинские устройства, такие как дыхательные или питательные трубки и катетеры, как правило, подвержены более высокому риску заражения C. auris и развития ряда инфекций — от поверхностных до более тяжелых, опасных для жизни.

Всемирная организация здравоохранения включила C. auris в список важнейших приоритетов для исследований и действий в области общественного здравоохранения в 2022 году. Центры США по контролю и профилактике заболеваний также объявили этот грибок «серьезной угрозой устойчивости к противомикробным препаратам», поскольку его становится все труднее лечить, что еще раз подчеркивает необходимость понимания и смягчения этой угрозы общественному здравоохранению.

«Последствия этого открытия выходят далеко за рамки лаборатории. Теперь, когда мы обнаружили шестую кладу Candida auris, возникла острая необходимость в улучшении возможностей наблюдения или разработке новых методов для дополнения текущих стратегий наблюдения, чтобы медицинские учреждения могли внимательно следить за его появлением и сдерживать распространение после обнаружения», — сказала доктор Карри Ко, соавтор исследования. Она также является консультантом кафедры микробиологии SGH и директором по геномике академической клинической программы патологии при SingHealth и медицинской школе Duke-NUS.

Новый клад был обнаружен в 2023 году после того, как пациент из SGH дал положительный результат на C. auris, что обычно связано с зарубежными поездками. Однако пациент оставался в Сингапуре в течение двух лет до этого, что побудило провести дополнительные расследования.

Исследователи из Главного госпиталя Сингапура, Института генома Сингапура A*STAR и Медицинской школы Йонг Лу Лин Национального университета Сингапура изучают культуры клинически важных дрожжей в лаборатории. Candida auris — это тип дрожжей. Автор: Институт генома Сингапура A*STAR
Ученые из ГИС A*STAR разработали метод машинного обучения для отслеживания потенциально новой клады C. auris. Затем они реконструировали геномы C. auris и провели углубленную характеристику геномов, чтобы подтвердить появление новой клады.

Обнаружив, что у пациента был C. auris, принадлежащий к кладе, которая генетически отличалась от остальных пяти, команда просмотрела архив больницы и нашла два других случая пациентов. Их открытие было задокументировано в « Обнаружении и характеристике шестой клады Candida auris в Сингапуре: геномное и фенотипическое исследование », которое было опубликовано в журнале The Lancet Microbe в июле 2024 года.

В SGH действует программа активного наблюдения, которая проверяет пациентов с высоким риском на C. auris с помощью рутинного мазка при поступлении. Пациенты с положительным результатом теста немедленно изолируются, и все стационарные пациенты, которые находятся в одной палате или комнате, будут проверены в рамках стратегии больницы по сдерживанию распространения инфекции.

В настоящее время команда работает над экспериментальным подходом машинного обучения, который может автоматически обнаруживать новые клады на ранних стадиях. Это особенно важно для региональных центров, таких как Сингапур, который принимает большое количество иностранных посетителей, для мониторинга и раннего выявления новых угроз общественному здравоохранению.

«Это исследование продемонстрировало, что подход с использованием машинного обучения может улучшить возможности наблюдения за счет автоматического обнаружения необычных геномов-выбросов. Наш рабочий процесс машинного обучения с участием человека способствует непрерывному обучению на основе новых данных, что позволяет нам обнаруживать и исследовать потенциально новые геномы как можно раньше. Это может усилить наблюдение за новыми угрозами общественному здоровью», — сказал соавтор исследования, доктор Чайяпорн Суфавилай, старший научный сотрудник ГИС A*STAR.

«Геномный надзор необходим для понимания новых патогенов. Объединяя геномику, метагеномику и совместные усилия исследователей и врачей, мы можем постоянно повышать нашу готовность к пандемиям и реагировать на угрозы общественному здравоохранению», — сказал старший автор исследования, доцент Ниранджан Нагараджан из Программы трансляционных исследований инфекционных заболеваний в Медицинском центре NUS, а также заместитель директора по архитектуре генома и старший руководитель группы Лаборатории метагеномных технологий и микробных систем в ГИС A*STAR.